3.1 保护区性质及保护对象
3.1.1 保护区性质
长白山国家级自然保护区是以保护典型的火山地貌景观和复杂的森林生态系统为主要对象，以保存野生动植物种质资源，保护、拯救和扩繁珍稀濒危生物物种，保持生态系统的自然演替过程，保障长白山乃至松花江、图们江、鸭绿江三大水系中下游广大地区的生态安全，保护全人类珍贵的自然遗产为根本目的，集资源保护、科研教学、绿色教育和生态旅游四大功能于一体的综合性自然保护区。
3.1.2 保护对象
? 珍稀的动植物资源及其生境：如紫貂、东北虎、金钱豹、梅花鹿、人参、东北红豆杉、长白松等国家重点保护物种及其生存环境。
? 典型的火山地貌景观：长白山是典型的休眠火山，其最近一次喷发形成的火山地貌十分典型，集中反映了世界上最突出的四种地貌类型，即火山熔岩地貌、流水地貌、喀斯特（岩溶）地貌和冰川冰缘地貌。这些地貌的形成，揭示了地质演化的进程，是地球演化史中重要阶段的突出见证，具有重要的科学价值和审美价值。
? 珍贵的红松阔叶林带：保护区内红松阔叶林带是长白山寒温带典型的地带性植被，主要生长于气候较温和、降雨量较大、暗棕色森林土、海拔720~1100m范围内，是长白山区动植物种类最多、植物生长最繁茂的典型林带，珍贵濒危药用植物野山参就生长在其中。该植被带中的红松、水曲柳、黄波萝、紫椴等均为珍贵树种，是国家Ⅱ级保护植物。
? 独特的植被自然垂直分布景观：长白山随海拔的升高依次分布着针阔混交林、暗针叶林、岳桦林和高山苔原4个植被垂直分布带，具有巨大的科学价值和突出的美学价值。
? 丰富的生物物种资源：长白山生存着种类繁多的野生生物，种质基因资源十分丰富。目前，已知的野生动物有1558种，分属于45目163科，其中属国家重点保护的有58种；已知的野生植物有2806种，分属于73目256科，其中属国家重点保护的有23种。保护好这些野生动植物的优良遗传基因，对于人类社会的生存与发展具有不可估量的重大意义。
? 重要的“三江”源区：长白山是松花江、图们江、鸭绿江的发源地，其中图们江、鸭绿江均为中朝两国的界河。因此，保护好这一重要的水源地，不仅对吉林省“三江”中下游地区社会经济的发展有着重要的支撑作用，而且对整个中国乃至世界都有着非常重大的生态意义。
3.1.3 保护区类型
根据中华人民共和国国家标准《自然保护区类型与级别划分原则》（GB/T14529—93），吉林长白山国家级自然保护区属于“自然生态系统类别”中 “森林生态系统类型”的自然保护区。
3.2 保护区功能区划
保护区的功能区，已于1996年第一次编制总体规划时依据《中华人民共和国自然保护区条例》、《自然保护区工程总体设计标准》、保护区植物群落、动物种群以及生态类型特性，结合保护区建设的性质及任务进行了区划，该区划结果已由国家林业局批准实施。
3.2.1 区划依据
（1）《中华人民共和国自然保护区条例》关于“自然保护区可以分为核心区、缓冲区和实验区”，“禁止在自然保护区的缓冲区开展旅游和生产经营活动”的规定；
（2）《吉林长白山国家级自然保护区管理条例》关于“保护区分为核心区和实验区”的规定；
（3）国家林业局《自然保护区工程总体设计标准》关于“保护区内不得区划森林采伐或其它有碍保护的生产活动区”的规定；
3.2.2 区划原则
（1）有利于全面保护自然资源和自然环境，拯救濒危物种，积极开展科研教学活动，适当发展旅游及可持续利用产业；
（2）有利于保护和增加生物的多样性，严格完整地保护长白山典型森林生态系统和重要保护物种的重要栖息地；
（3）有利于协调自然保护区的建设及各项事业的发展；
（4）针对该保护区有大面积风倒区的实际情况，各功能区的划分均让其占有一定的比重，以求探索恢复森林植被的有效途径；
（5）实验区和缓冲区的区划力求为核心区的绝对保护加设一道屏障，实验区的划分亦围绕保护的主题，在保证核心区面积的前提下，留出科研、教学及合理利用的基地。
3.2.3 区划方案
3.2.3.1 核心区
核心区总面积为128311.5hm2，占保护区总面积的65.3％，主要分布在该保护区的中心及人为活动较少的南部。核心区在各保护站均占有一定比重，但以池西、横山、维东保护站为多，均在24000hm2以上，而白河、头道、头西保护站核心区面积较少，均不足10000hm2。
核心区内有大面积的天然阔叶林、红松阔叶林、针叶林、云冷杉林、长白落叶松林和罕见的长白松林、岳桦林、苔原灌木林和苔原草地。核心区内天然林面积105243 hm2，活立木总蓄积2765.7万m3。大面积的天然林下栖息着各类珍稀濒危动植物。核心区内尚有因1986年15号台风而形成的风倒迹地271hm2，风倒后形成的疏林地7827 hm2，风倒木拣集后造林达标的未成林造林地349 hm2、人工林956 hm2和拣集迹地1655hm2。以上各地类除大部分是原生植被具有保留价值外，其它则是15号强台风袭击后作为人为干预与否的对照地被保留的部分，且一并划入核心区，区内不再人工造林，让其自然演替恢复。
3.2.3.2 缓冲区
缓冲区总面积20043.5hm2，占保护区总面积的10.2％，一般分布在人为活动不多的核心区与实验区之间，如白山、维东等保护站。而在仅开展点线旅游或远离居民点和自然天堑的地方则省略了此道防线。在西部环区公路一侧、南部原松江河——长白的公路两侧地势险峻、中途又无停车站的地段缓冲区，便直接作为核心区的屏障连接车道。
缓冲区内多分布阔叶林、红松阔叶林、针叶林以及少许疏林地、苔原灌木林和苔原草地。缓冲区内天然林面积17828hm2，活立木总蓄积4565.4万m3。其内还有风倒迹地79 hm2、风倒木拣集迹地14hm2、拣集迹地上造林达标后成为人工林的面积为664hm2。
3.2.3.3 实验区
实验区总面积为48110.0hm2，占保护区总面积的24.5％，主要分布在距村屯较近、人为活动较多的地方。同时，根据科研需要在保护区边沿亦划出了一定的面积，其中头西、白河、白山等保护站所占比重较大，分别为10257 hm2、9725 hm2、8363hm2，峰岭、横山分布较少，分别是3230、3070hm2。
根据科研、教学工作的需要，实验区中各种地类均有分布，有不同面积的天然阔叶林、红松阔叶林、针叶林、长白松林、长白落叶松林、岳桦林、苔原灌木林及其草地和因风倒而形成的各类迹地。实验区的划分既为核心区外围设了一道屏障，又为科研、教学、旅游等合理利用奠定了基础。
保护区功能区划详见附表2。
3.3 项目总体布局
3.3.1 核心区布局
核心区是保护区的核心和重点保护区域，除保护管理部门依法进行巡护、定位观测研究和定期资源调查外，禁止其它人为活动，使其自然发展，作为人类活动对环境影响的原始对照地。如因特殊需要，必须在核心区内进行其它活动时，须经保护区管理局同意，省林业主管部门审核，报国务院有关自然保护区行政主管部门批准。核心区建设项目布局如下：
（1）重点路段防护围栏总长50km，在核心区内拟在峰岭保护站36林班，建设长度为5km。
（2）地方公路改线工程共计70.8km，其中穿过保护区的核心区9.5km，即峰岭保护站的38、47、50、57-60林班内。
（3）天目山瞭望塔拟建在核心区原峰岭保护站的47林班内。
（4）生态定位观测站3处均拟建在核心区内，一处在白山保护站的35林班内，一处在峰岭保护站的26林班，另一处在维东保护站的71林班。
（5）生态定位观测点共50个，其中设在核心区内36个。
（6）固定样带共25km，其中布设在核心区内有15km。
（7）生态定位观测线总长40km，布设在核心区共32km，其中白山保护站16km，维东保护站16km。
（8）望天鹅保护站拟建在原峰岭保护站60林班与长白县林业局交界处。
3.3.2 缓冲区布局
缓冲区是核心区的缓冲地带，是一般保护区域。禁止在缓冲区内开展旅游和生产经营活动，因科研教学需要，必须进入缓冲区从事非破坏性活动，如科学研究、教学实习和采集标本等，应事先向保护区管理局提出申请和计划，经批准后方可进行。从事上述科研教学活动的单位和个人，应当将其活动成果的副本交保护区管理局备案。缓冲区建设项目布局如下：
（1）生态定位观测点共50个，其中布设在缓冲区4个。
（2）固定样带共25km，其中布设在缓冲区3km。
（3）生态定位观测线总长40km，布设在缓冲区4km。
（4）气象观测站共3处，其中一处拟建在缓冲区白山保护站的16林班。
3.3.3 经营区域
实验区是自然保护区内从事科学研究、教学实习和进行绿色教育、科普教育、生态旅游、可持续利用的基地。经有关部门批准，在实验区内，可以从事下列活动：开展科学考察、教学实习、采集标本以及设立定位观测点、实验地等，研究森林生态系统结构和演替规律，探索提高森林生产力的途径；建立濒危植物种质资源保存圃，探索和研究濒危野生植物资源保存及合理开发利用的途径；进行有利于自然保护区的保护管理、科研教学等相关工程建设；开展科普性参观、旅游、夏令营等活动，对游人进行保护自然、保护环境、热爱祖国的绿色教育；开展种植业、养殖业等可持续利用项目建设。实验区建设项目布局如下：
（1）野生动物通道拟建在通往天池的西、北两条旅游道路上（实验区内）。北坡一处动物通道建在白山保护站的4、5、6、11、16、17、22林班交界处；西坡动物通道共2处，一处建在维东保护站的3、5林班与池西保护站的63林班交界处，另一处建在维东保护站的30-34、43、51林班交界上。
（2）濒危植物种质资源保存圃拟建在实验区内白河保护站的2、3林班内。
（3）区内重点路段防护围栏共有三处，总长50km。除一处的四分之一长度（5km）建在核心区外，其余均建在实验区内，其中一处（15km）建在白河保护站与白河林业局黄松蒲林场相邻路段，一处建在维东保护站与松江河白西林场相邻路段，另一处建在峰岭保护站与松江河林业局老岭林场相邻路段。
（4）U型谷建筑拆除地点在白山保护站的43、44林班交界处。
（5）U型植被恢复工程在建筑物拆除地进行，包括清理河道3km，清运垃圾5万吨，植被恢复面积100hm2。
（6）固定样地共50块，其中布设在实验区内10块。
（7）固定样带共5条，总长25km。其中布设在实验区内7km，分别在白河保护站的8、9、10林班，池西保护站的1林班，头西保护站的9、10林班和峰岭保护站的2林班。
（8）固定样线共20km，其中布在实验区4km。
（9）气象观测站共3处，有2处设在实验区内，其中一处在白河保护站的9林班内，另一处在白山保护站的44林班内。
（10）索道建在双目峰保护站的44林班内。
（11）野外教学实习基地共3处，分别拟建在头道区保护站的1、3、4林班内。
（12）双目峰保护站拟建在原白山保护站的52林班与白河林业局交界处。
（13）双目峰瞭望塔拟建在原白山保护山52林班内。
（14）种植业项目规划在白河保护站的6-14林班内。
（15）养殖业项目规划在白河保护站的1林班内。
3.3.4 区外布局
由于长白山自然保护区内无常住居民，保护局局址等建筑均设在保护区外，同时为了体现区内旅游区外服务的原则，本次规划所有建筑均安排在保护区外。
（1）野生动物救护中心拟建在保护区外白河林业局光明林场4林班的10小班内。
（2）防火指挥中心大楼拟建在长白山管委会池北区，即保护区管理局办公楼右侧。
（3）航空护林站拟建在白河林业局宝马林场的103林班内。
（4）长白山科学研究院拟建在长白山管委会池北区原保护区管理局局址附近。
（5）宣教中心（含自然博物馆）拟建在长白山管委会池北区北坡山门附近。
（6）绿色教育基地综合楼拟建在长白山管委会池北区原保护区管理局局址所在地附近。
（7）长白山北坡、西坡、南坡门区及服务设施建设项目，分别拟建在长白山管委会池北区、池西区和池南区。
（8）长白山野生植物园拟建在长白山管委会池北区南侧，距保护区管理局4km，即白河林业局光明林场的3、4林班内。
（9）可持续利用加工业项目拟建在长白山管委会池北区（原二道白河镇）。